O GNU/Linux tem seu "próprio" relógio que não necessariamente é sincronizado com o relógio do hardware (RTC). Para sincroniza-los existe um comando chamado hwclock, que faz esta sincronização em ambos os sentidos, ou seja sincroniza o hardware baseado no sistema e vice versa.

Para sincronizar o relógio do hardware a partir do sistema:

wclock --systohc

Para sincronizar o relógio do sistema a partir do hardware:

hwclock --hctosys

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